Origins führt uns ins Alte Ägypten, wo die Spieler die Kontrolle über Bayek übernehmen. Wir befinden uns am Ende der ptolemäischen Dynastie um 30 v. Chr. Bayek ist ein erfahrener Krieger, der als Medjay dient, ein auserwählter Beschützer des Pharaos, um das Volk Ägyptens zu helfen und zu schützen. Der Pharao hat jedoch Schwierigkeiten, das Gleichgewicht zu halten und effektiv zu regieren, was das Land an den Rand eines Bürgerkriegs führt, während Kleopatra versucht, den Thron zu übernehmen. Das Römische Reich ist die dominierende Macht der Ära, und aus diesem Grund werden die beiden Thronanwärter versuchen, eine Allianz zu bilden, um ihre Positionen zu stärken. 
Erkunde die sandigen Reiche des Alten Ägypten, von der üppigen landwirtschaftlichen Vegetation des Nildeltas bis zur völligen Abgeschiedenheit der Siwa-Oase oder den unglaublichen Pyramiden von Gizeh und Memphis. Die virtuelle Welt des Alten Ägypten steht dir zur Erkundung offen, während die Geschichte von Assassin's Creed Tausende von Jahren zurückgeht bis zur Geburt der Bruderschaft der Assassinen.