Povestea începe cu jucătorul care se mută în Alola și își începe călătoria ca antrenor Pokémon, participând la Island Challenge în loc de sălile tradiționale. Pe măsură ce explorează cele patru insule, se confruntă cu Totem Pokémon, Căpitani și Kahuna, în timp ce întâlnește noi personaje precum echipa Ultra Recon Squad, care provine dintr-o altă lume. Intriga se concentrează pe Necrozma, un Pokémon misterios care amenință să distrugă echilibrul luminii în lume, iar jucătorul este chemat să-l oprească prin călătorii în Ultra Wormholes și dimensiuni alternative.