Ο Θουκυδίδης, ένας από τους πιο μεγάλους ιστορικούς, είδε πρώτος την ιστορία σαν επιστήμη και υπέβαλε τα γεγονότα που αποτελούσαν αντικείμενο της αφήγησής του σε αυστηρή κριτική έρευνα, αναζητώντας αδιάκοπα την αλήθεια.

Απέκλεισε από την ιστορία το μύθο και την επέμβαση θείων δυνάμεων. Απέβλεψε στη συναγωγή συμπερασμάτων με παντοτινή αξία, "κτήμα ες αιεί μάλλον ή αγώνισμα ες το παραχρήμα". Δεν αγνοούσε τις δυσχέρειες για την εξακρίβωση ακόμα και των συγκαιρινών του συμβάντων, που ο καθένας τα βλέπει ανάλογα με τις συμπάθειές του, τη μνήμη του και τις δυνατότητες που έχει να πληροφορείται σωστά.

Από την άλλη, όμως, έδειξε την καταπληκτική για το βάθος της ανάλυσης "Αρχαιολογία" του (Α2-19) ότι με τη λογική και με τις τεχνολογικές μεταβολές μπορεί να ξαναχτίσει ο ευσυνείδητος και οξυδερκής ιστορικός μια παλαιότατη εποχή, για την οποία δεν υπάρχουν γραπτές μαρτυρίες.

Το πόρισμα των αναλύσεων του Θουκυδίδη, που ιδιαίτερα ανατέμνονται μέσα στις περίφημες "δημηγορίες" του, οι οποίες αποτελούν σχεδόν το ένα τέταρτο από το όλο έργο του, είναι, ότι οι πόλεμοι, και μάλιστα οι εμφύλιοι και αδελφοκτόνοι, καθώς και άλλα γεγονότα παραπλήσια προς τους πολέμους, όπως η μεγάλη πανούκλα της Αθήνας, χειροτερεύουν τη διαγωγή των ανθρώπων, που, εξάλλου, από τη φύση τους ρέπουν στο κακό.

Ο Θουκυδίδης δείχνεται ένας ψυχρός και απαισιόδοξος ερευνητής. Κι αυτό θέλησε να "μηνύσει" στους μεταγενέστερους. Αυτό είναι το κύριο θέμα από το "μήνυμά" του.

Ο Ελευθέριος Βενιζέλος, που μετάφρασε ολόκληρο το έργο του Θουκυδίδη, έλεγε πως η Ιστορία του Θουκυδίδη δίνει απαντήσεις σε όλα τα προβλήματα που παρουσιάζονται ακόμη και σήμερα στους πρωταγωνιστές της πολιτικής ζωής, παρά τις τεράστιες μεταβολές σε τεχνική, σε πολεμικά μέσα, σε χώρο και σε όγκο αντιπαρατιθεμένων δυνάμεων.