Metal Gear Solid Rising: Revengeance spielt drei Jahre nach den Guns of the Patriots. Der Krieg ist nicht mehr nur ein Geschäft für die PMCs, oder zumindest sagt das die Welt.

Doch die neue Cyborg-Technologie, die aus den USA durchsickert, stört das Gleichgewicht und Gewalt zerreißt erneut den fragile Frieden. Der Cyborg-Soldat Raiden muss sich seinem bislang mächtigsten Feind stellen.

Angriffe von der Armee der Cyborgs der Desperado Enforcements fordern die Auseinandersetzung heraus, und während des Kampfes verliert Raiden sein linkes Auge und seine linke Hand.

• Drei Jahre sind vergangen seit dem Zusammenbruch des Patriotensystems, das geheim die weltweite Balance der Macht aus den Schatten kontrollierte. Doch der Frieden bleibt unerreichbar.
• Die Verbreitung der Cyborg-Technologie hat Instabilität und Konflikte verursacht, da diejenigen, die den Handel kontrollieren, immer mehr Macht erlangen.
• Die großen "Privaten Armeen", oder PMCs, die von den Patriots unterstützt und kontrolliert wurden, sind kollabiert und wurden durch unzählige verachtete Einheiten ersetzt, die von größeren Organisationen stammen.

• Mit erneuerter Rüstung und stärkeren Cyborg-Teilen greift Raiden in die Gebiete seiner Feinde ein, um gegen Desperado zu kämpfen und seine Ehre wiederherzustellen.
• Desperado hat Abchasien eingenommen. Raiden's Firma, Maverick, erhält einen Auftrag aus Russland, um das Land zurückzuholen.
• Diese rebellierenden PMCs, die die Cyborg-Technologie nutzen, werden zunehmend subversiv und verändern die Politik und Macht nach Belieben.