Το Metal Gear Solid Rising: Revengeance διαδραματίζεται τρία χρόνια μετά τα Guns of the Patriots. Ο πόλεμος δεν είναι πια επιχείρηση για τις PMCs, ή τουλάχιστον αυτό λέει ο κόσμος.

Ωστόσο, η νέα τεχνολογία Cyborg που διαρρέει από τις ΗΠΑ ανατρέπει την ισορροπία και η βία σχίζει ξανά την εύθραυστη ειρήνη. Ο Cyborg στρατιώτης Raiden πρέπει να αντιμετωπίσει τον πιο ισχυρό εχθρό του μέχρι στιγμής.

Επιθέσεις από τον στρατό των cyborgs της Desperado Enforcements προκαλούν την αναμέτρηση, και κατά τη διάρκεια της μάχης, ο Raiden χάνει το αριστερό του μάτι και το αριστερό του χέρι.

• Πέρασαν τρία χρόνια από την κατάρρευση του συστήματος των Patriots, το οποίο μυστικά ελέγχει την παγκόσμια ισορροπία δυνάμεων από τις σκιές. Ωστόσο, η ειρήνη παραμένει άπιαστη.
• Η διάδοση της τεχνολογίας κυβερνοειδών έχει προκαλέσει αστάθεια και συγκρούσεις καθώς αυτοί που ελέγχουν το εμπόριο αποκτούν όλο και περισσότερη δύναμη.
• Οι μεγάλοι "Ιδιωτικοί Στρατοί", ή PMCs, που υποστηρίζονταν και ελέγχονταν από τους Patriots, κατέρρευσαν, δίνοντας τη θέση τους σε αμέτρητους παρία ενότητες που προέρχονται από μεγαλύτερους οργανισμούς.

• Με ανανεωμένη πανοπλία και ισχυρότερα μέρη Cyborg, ο Raiden επιτίθεται σε εδάφη των εχθρών για να πολεμήσει τη Desperado και να εκδικηθεί την τιμή του.
• Η Desperado έχει καταλάβει την Αμπχαζία. Η εταιρεία του Raiden, Maverick, αναλαμβάνει αποστολή από τη Ρωσία για να ανακτήσει τη χώρα.
• Αυτές οι επαναστάτες PMCs, χρησιμοποιώντας την τεχνολογία Cyborg, γίνονται ολοένα και πιο ανατρεπτικές, αλλάζοντας την πολιτική και την εξουσία κατά βούληση.