Într-o groapă din așezarea fără lege Scrapyard, mult sub misteriosul oraș spațial Zalem, doctorul cibernetic disgrafiat Daisuke Ido face o descoperire stranie: capul separat al unei femei ciborg care și-a pierdut toate amintirile. O numește Alita și o echipază cu un nou corp puternic, Berserkerul. În timp ce Alita nu-și amintește niciun detaliu din viața ei anterioară, un moment de disperare reînviorează în nervii ei legendarul școlii de arte marțiale cunoscută sub numele de Panzer Kunst