Η ιστορία ξεκινά με τον παίκτη να εντάσσεται στην Ranger Union και να αναλαμβάνει αποστολές σε πόλεις και φυσικά περιβάλλοντα της Fiore, όπως δάση, βουνά και σπηλιές. Αντί για Poké Balls, χρησιμοποιεί το Styler για να “σχεδιάζει” γύρω από Pokémon στην οθόνη αφής, ώστε να τα πείσει να βοηθήσουν προσωρινά. Καθώς εξελίσσεται η πλοκή, ο παίκτης αντιμετωπίζει την Go-Rock Squad, μια εγκληματική οργάνωση που προσπαθεί να εκμεταλλευτεί τα Pokémon για δικούς της σκοπούς. Με τη βοήθεια του Minun ή Plusle (ανάλογα με το φύλο του χαρακτήρα), ο Ranger ξεπερνά εμπόδια, λύνει γρίφους και αποκαθιστά την ισορροπία στην περιοχή.