Die Geschichte beginnt damit, dass der Spieler der Ranger-Union beitritt und Missionen in Städten und natürlich in der Natur von Fiore übernimmt, wie Wäldern, Bergen und Höhlen. Anstelle von Pokébällen verwendet er den Styler, um auf dem Touchscreen um Pokémon herum zu "zeichnen", um sie vorübergehend zu überzeugen, zu helfen. Während sich die Handlung entwickelt, begegnet der Ranger der Go-Rock-Gruppe, einer kriminellen Organisation, die versucht, Pokémon für ihre eigenen Zwecke auszunutzen. Mit Hilfe von Minun oder Plusle (je nach Geschlecht des Charakters) überwindet der Ranger Hindernisse, löst Rätsel und stellt das Gleichgewicht in der Region wieder her.