Die Geschichte beginnt, als Dr. Eggman die Macht der Chaos Emeralds nutzt, um Dark Gaia zu befreien, ein uraltes Wesen, das den Planeten in Stücke zerlegt. Während des Angriffs verwandelt sich Sonic in Werehog und erhält nächtliche Kräfte mit elastischen Gliedmaßen und erhöhter Stärke. Mit Hilfe von Chip, einem mysteriösen Wesen, das ihn begleitet, reist Sonic durch verschiedene Regionen der Welt, um die Stücke des Planeten wiederherzustellen und Dark Gaia zu bekämpfen.

• Tag-Stadien: Klassisches Sonic-Erlebnis mit schneller Plattform, Boost-Mechanik und 3D/2D-Wechsel.

• Nacht-Stadien: Sonic als Werehog beteiligt sich an Nahkämpfen, Rätseln und Erkundungen, mit einem langsameren Tempo und Fokus auf Stärke.