Die Geschichte beginnt, als ein Außerirdischer namens Tatanga in Sarasaland einmarschiert und die Einwohner hypnotisiert, um Prinzessin Daisy zu entführen. Mario reist durch vier thematische Welten — Birabuto (inspiriert von Ägypten), Muda (Wasserwelt), Easton (mit Anspielungen auf Ostasien) und Chai (chinesisch ästhetisch) — und begegnet Feinden, Fallen und Bossen, um Daisy zu retten und den Frieden wiederherzustellen.

Das Spiel besticht durch seine einzigartigen Elemente, wie die Level mit Fahrzeugen (U-Boot und Flugzeug), die Ersetzung der klassischen Power-Ups durch die Superball Flower und die originelle Musik. Es war das erste Mario-Platformer auf einer tragbaren Konsole und bleibt wegen seiner Kreativität und Schlichtheit beliebt.