Stand Alone Complex се развива през 2030 година в измисления японския град New Port. Историята проследява членовете на Отдел 9 на Публичната сигурност, специален оперативен екип състоящ се от бивши военни и полицейски детективи. Манга-та представя отделни случаи, които Отдел 9 разследва, както и постоянно, по-сериозно разследване на сериен убиец и хакер, известен само като Laughing Man.