Das Stand Alone Complex spielt im Jahr 2030 in der fiktiven japanischen Stadt New Port. Die Geschichte folgt den Mitgliedern der Abteilung 9 für öffentliche Sicherheit, einer Spezialeinheit, die aus ehemaligen Militärs und Polizeidetektiven besteht. Der Manga präsentiert einzelne Fälle, die von Abteilung 9 untersucht werden, sowie eine fortlaufende, ernstere Untersuchung eines Serienmörders und Hackers, der nur als der Laughing Man bekannt ist.