Рейдън поема мисия на нефтена платформа (Big Shell), за да спаси президента на САЩ от терористи, докато се разкрива съществуването на системата Patriots AI и манипулацията на реалността.

Нейкед Снейк (по-късно Биг Бос) прониква в Съветския съюз през 60-те години, за да неутрализира бившия си наставник The Boss и да предотврати изстрелването на ядреното оръжие Shagohod, в история, изпълнена с предателство и идеологически конфликти.

Снейк създава собствената си военна сила (Militaires Sans Frontières) и се изправя пред заплахата от автономна ядрена система в Централна Америка, докато се разкрива философията зад ядреното сдържане и независимостта на военните сили.