Povestea începe când un copil prodigios, Sorata Suzuhara, se rătăcește după ce aude o melodie misterioasă și este ucis. Când se trezește, este transportat într-un loc care seamănă cu trecutul. În acest loc necunoscut și ciudat, întâlnește curând o fată care îl informează că a pierdut timpul și îi promite că îl va ajuta să se întoarcă acasă.

Sorata urmează fata misterioasă pe un dirijabil rotund numit Norn, care zboară folosind o tehnologie dincolo de imaginația lui. Pe acest dirijabil, întâlnește trei tinere și nouă tineri, toți cu puteri unice, într-o călătorie dată de o persoană numită "Lumea".

Descoperă misterele navei și ale pasagerilor săi din perspectiva fiecăreia dintre cele trei fete, interacționează cu alte personaje și vezi cum reacționează la situații specifice. Experimentează călătoria și povestea divergentă pe măsură ce jucătorii decid soarta personajelor într-o narațiune ramificată.

Joacă de mai multe ori pentru a debloca adevăratul final al poveștii, adăugând astfel o valoare semnificativă de rejucare. Retrăiește momentele pline de bucurie din Norn9: Var Commons cu modul galerie, participă la misiunea jocului și colectează puncte pentru a debloca alte bonusuri și caracteristici speciale.