Povestea Puzzle Bobble Everybubble! îi aduce pe Bub, Bob, Peb și Pab pe Insulele Curcubeu, unde trăiește Miniroon, un personaj misterios care seamănă cu Bub. Într-o zi, Miniroon începe brusc să facă bule, acoperind întreaga insulă cu ele și cauzând probleme locuitorilor săi.

Este timpul ca cei patru dragoni prietenoși să intervină și să-l ajute pe Miniroon să oprească nebunia cu bulele! În această nouă aventură, jucătorii trebuie să elimine din nou bulele într-o serie de etape din ce în ce mai provocatoare și distractive. Pentru a-i ajuta în misiunea lor, jucătorii vor putea folosi numeroase obiecte și trucuri sau vor încerca să facă tot posibilul pe cont propriu.