Odată, vrăjitorii au încercat să cucerească Regatul Sacru al Hyrule. Spiritele Luminii au închis puterea vrăjitorilor în Cristalul Umbrei și i-au exilat în Regatul Crepuscul dincolo de Oglinzi. Acum, o amenințare malefică încearcă să o găsească pe Midna, Prințesa Regatului Crepuscul, și fragmentele Cristalului Umbrei pentru a obține puterea de a domni atât în Regatul Crepuscul, cât și în Lumea Luminii.

În forma sa de lup, salvarea lui Zelda din mâinile lui Ganondorf este doar prima provocare în ultima bătălie a lui Link împotriva fiarei înfricoșătoare în care s-a transformat Ganondorf. Dar împingerea înapoi a regelui demon oferă doar o scurtă pauză - în final, totul se reduce la un ultim duel între Link și Ganondorf, luptat pentru destinul Hyrule-ului și al Regatului Crepuscul!