Das Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity für den Nintendo 3DS stellt eine bedeutende Weiterentwicklung der Serie dar, da es der erste Titel des Franchises ist, der vollständig in 3D-Grafik dargestellt wird und die Welt der Pokémon auf eine bislang ungeahnte Weise zum Leben erweckt. Die Geschichte beginnt damit, dass sich der Protagonist in einen Traum vertieft, in dem er gerufen wird, die Welt zu retten, und schließlich als Pokémon in einer vom Verzweiflung bedrohten Erde erwacht. Das Spiel konzentriert sich auf den Aufbau des "Pokémon Paradise", eines Zufluchtsortes, den der Spieler zusammen mit seinen Verbündeten errichtet, und bietet eine warme und hoffnungsvolle Erzählung, die die Werte von Vertrauen und Teamarbeit vertieft.