În anul 0079 al Erei Universale, colonia spațială Side 3 își declară independența ca Principatul Zeon și declară război Federației Pământului. Un an mai târziu, se angajează într-o luptă aprigă pentru Secțiunea Thunderbolt, o zonă a spațiului devastată de prăbușirea coloniilor distruse.

Aisul lui Zeon, Daryl Lorenz, lucrează pentru a o ajuta pe Carla Mitsum, proiectanta de succes a dispozitivului Reuse P, să se recupereze după trauma suferită în Bătălia Secțiunii Thunderbolt. Între timp, după o urmărire mortală și o confruntare atât pe terenurile înghețate ale Antarcticii, cât și în adâncurile negre ale oceanului, nava Spartan a Federației ajunge în zona Alianței Nanyang.

Pe măsură ce Spartan întâlnește primele unități de patrulare ale Aliaților, Io Fleming descoperă că nu toate fantomele din Secțiunea Thunderbolt sunt moarte...

O nouă abordare a universului clasic Gundam, Gundam Thunderbolt este o poveste plină de acțiune și axată pe personaje, cu o atmosferă dură și realistă, care necesită puțină familiaritate cu proprietatea pentru a te implica.