През 0079 година на Универсалната Ера, космическата колония Сайд 3 обявява своята независимост като Княжество Зеон и обявява война на Земната Федерация. Една година по-късно, те се въвличат в ожесточена битка за сектор Тъндърболт, зона в космоса, разрушена от сблъсъци на унищожени колонии.

Аса на Зеон, Дарил Лоренз, работи за да помогне на Кара Мичум, успешния дизайнер на устройството Reuse P, да се възстанови от травмата, претърпяна в Битката за сектор Тъндърболт. Междувременно, след смъртоносно преследване и конфронтация както на замръзналите земи на Антарктида, така и в черните дълбини на океана, корабът на Федерацията Спартан пристига в зоната на Съюза Нянянг.

Когато Спартан среща първите патрулни единици на Съюза, Ио Флеминг открива, че не всички призраци от сектор Тъндърболт са мъртви...

Нов подход към класическата вселена Gundam, Gundam Thunderbolt е история, изпълнена с действие и акцент върху персонажите, с сурово, реалистично усещане, което изисква малко запознаване с франчайза, за да се включите.