Στις 0079 του Οικουμενικού Αιώνα, η διαστημική αποικία Side 3 ανακηρύσσει την ανεξαρτησία της ως Πριγκιπάτο του Ζίο και κηρύσσει πόλεμο στην Ομοσπονδία της Γης. Ένα έτος αργότερα, εμπλέκονται σε σφοδρή μάχη για τον Τομέα Thunderbolt, μια περιοχή του διαστήματος κατεστραμμένη από τη συντριβή κατεστραμμένων αποικιών.

Ο άσος του Ζίο, Ντάριλ Λόρενζ, εργάζεται για να βοηθήσει την Κάρα Μίτσουμ, την πετυχημένη σχεδιάστρια της συσκευής Reuse P, να ανακάμψει από το τραύμα που υπέστη στη Μάχη του Τομέα Thunderbolt. Εν τω μεταξύ, μετά από μια θανάσιμη καταδίωξη και αντιπαράθεση τόσο σε παγωμένα εδάφη της Ανταρκτικής όσο και στα μαύρα βάθη του ωκεανού, το πλοίο της Ομοσπονδίας Spartan φτάνει στην περιοχή της Συμμαχίας Νανγιάνγκ.

Καθώς το Spartan συναντά τις πρώτες μονάδες περιπολίας των Συμμάχων, ο Ίο Φλέμινγκ ανακαλύπτει ότι δεν είναι όλοι οι φαντάσματα του Τομέα Thunderbolt νεκροί...

Μια νέα προσέγγιση στο κλασικό σύμπαν Gundam, το Gundam Thunderbolt είναι μια ιστορία γεμάτη δράση και εστίαση στους χαρακτήρες, με μια σκληρή, ρεαλιστική διάθεση που απαιτεί λίγη εξοικείωση με την ιδιοκτησία για να εμπλακείς.