Im Jahr 0079 des Universellen Jahrhunderts erklärt die Raumkolonie Side 3 ihre Unabhängigkeit als Fürstentum Zeon und erklärt der Erde den Krieg. Ein Jahr später sind sie in einen erbitterten Kampf um den Thunderbolt-Sektor verwickelt, ein Raumgebiet, das durch den Absturz zerstörter Kolonien verwüstet wurde.

Der Ass des Zeon, Darryl Lorenz, arbeitet daran, Kara Mitsum, die erfolgreiche Designerin des Reuse P Geräts, dabei zu helfen, sich von dem Trauma, das sie in der Schlacht um den Thunderbolt-Sektor erlitten hat, zu erholen. In der Zwischenzeit trifft das Schiff der Föderation Spartan nach einer tödlichen Verfolgungsjagd und Auseinandersetzungen sowohl in den gefrorenen Gebieten der Antarktis als auch in den tiefen Tiefen des Ozeans im Gebiet der Nan-Yang-Allianz ein.

Als das Spartan auf die ersten Patrouilleneinheiten der Alliierten trifft, entdeckt Io Fleming, dass nicht alle Gespenster des Thunderbolt-Sektors tot sind...

Eine neue Herangehensweise an das klassische Gundam-Universum, Gundam Thunderbolt ist eine Geschichte voller Action und Charakterfokus, mit einer harten, realistischen Stimmung, die ein wenig Vertrautheit mit dem Franchise erfordert, um sich zu engagieren.