Έτος: 26XX μ.Χ. Το αρχιπέλαγος Galuga στα ανοικτά των ακτών της Νέας Ζηλανδίας είναι το σημείο μηδέν για μια μυστηριώδη βροχή μετεωριτών. Έξι μήνες αργότερα, η τρομοκρατική ομάδα Red Falcon εισβάλλει στο νησί και ανιχνεύονται ασυνήθιστα βαρυτικά κύματα που προέρχονται από την περιοχή. Η Γήινη Ομοσπονδία στέλνει τον στρατό GX για αναγνώριση, αλλά η επαφή έχει χαθεί. Χωρίς άλλες βιώσιμες επιλογές, το Σώμα Πεζοναυτών της Γης στέλνει τους πιο επίλεκτους στρατιώτες του - τον Bill Rizer και τον Lance Bean της μονάδας Contra - για να ερευνήσουν και να εξουδετερώσουν κάθε πιθανή απειλή. Η σύγκρουση που ακολουθεί μετατρέπει το κάποτε ειρηνικό νησί σε μια ολοκληρωτική εμπόλεμη ζώνη όπου η μοίρα της ανθρωπότητας κρέμεται από μια κλωστή.

Μια νέα προσθήκη στο οπλοστάσιο του Contra είναι το σύστημα Overload! Θυσιάστε τα όπλα που περισσεύουν για να εξαπολύσετε μια ποικιλία ισχυρών εφέ!