Στις σκοτεινές γωνιές του άπειρου διαστήματος, κρύβεται το απόλυτο κακό... Οι σκοτεινές δυνάμεις υπό την ηγεσία του θεού της καταστροφής, Bacterian, ετοιμάζονται να επιτεθούν μαζικά στον πλανήτη Gradius.

Με ακατάσχετη δύναμη, οι Σκοτεινές Δυνάμεις απειλούν να βυθίσουν το Σύμπαν σε ολοκληρωτικό πόλεμο και πλήρη εξόντωση. Η επιθετική τους δύναμη καταστρέφει τις άμυνες του Gradius, και οι γύρω πλανήτες πέφτουν ο ένας μετά τον άλλο.

Τώρα, η κακία του Bacterian φτάνει στην καρδιά της αντίστασης... τον πλανήτη Gradius.

Για να αντιμετωπίσουν την επικείμενη απειλή, οι Ενωμένες Δυνάμεις του Κόσμου Gradius συγκεντρώνουν όλα τα πολεμικά τους πλοία. Τα μισά σχηματίζουν ένα αμυντικό δίκτυο, ενώ τα άλλα μισά μια επιθετική ομάδα.

Ωστόσο, είναι αριθμητικά κατώτεροι και οι Σκοτεινές Δυνάμεις καταρρίπτουν εύκολα την αδύνατη γραμμή τους. Κανένας πιλότος δεν επιβιώνει από την σφαγή...

Σε μια ύστατη προσπάθεια, οι δυνάμεις του Ενωμένου Κόσμου Gradius στέλνουν δύο καταδρομικά πλοία που είχαν προηγουμένως χαρακτηριστεί υπερβολικά επικίνδυνα για αποστολές: τα Διαστημικά Καταδρομικά VIC VIPER.

Τα καταδρομικά απογειώνονται προς την καρδιά του σκότους για να συμμετάσχουν στη μάχη που θα αποφασίσει τη μοίρα του Σύμπαντος...