In der fantastischen Welt von Gamindustri sind vier Göttinnen (CPUs) in einen unaufhörlichen Krieg um die Vorherrschaft verwickelt, bekannt als War of the Guardians. Wenn Neptune von den anderen Göttinnen besiegt wird, wird sie aus den Himmeln verbannt und verliert vollständig ihre Erinnerungen. Mit Hilfe von Compa, IF und einem mysteriösen lebenden Buch namens Histoire beginnt Neptune eine spannende Reise durch vier verschiedene Reiche. Ihr Ziel ist es, ihre Kräfte wiederzuerlangen und die ganze Welt zu retten, in einem reichhaltigen JRPG voller taktischer Kämpfe und unterhaltsamen Humors.

Neptune wird unerwartet in eine alternative Dimension von Gamindustri versetzt, die stark an das Jahrzehnt von 1989 erinnert. Um in ihre eigene Welt zurückzukehren, muss sie genügend Shares sammeln, um das dimensionale Tor zu öffnen. Doch die bösartige Allianz der Seven Sages plant, alle CPUs auszulöschen. Durch dimensionale Freundschaften, urkomische Anspielungen auf die Retro-Kultur der Videospiele und aufgewertete Anpassungssysteme wird Neptune dazu aufgerufen, die alternative Realität zu retten und den Weg nach Hause zu finden.