Η σωστή συντήρηση των ηλιακών συλλεκτών είναι απαραίτητη για την αποφυγή ζημιών και την εύρυθμη λειτουργία του συστήματος. Σε περίπτωση απουσίας για μεγάλο χρονικό διάστημα, κυρίως τους καλοκαιρινούς μήνες, οι ηλιακοί συλλέκτες θα πρέπει να καλύπτονται. Αν δεν γίνει αυτό, το συσσωρευμένο νερό στο μπόιλερ μπορεί να φτάσει σε υψηλές θερμοκρασίες χωρίς να χρησιμοποιείται.

Εάν δεν έχει γίνει η κατάλληλη συντήρηση, υπάρχει κίνδυνος που σχετίζεται με τα ασφαλιστικά του συστήματος. Εάν δεν ενεργοποιηθούν τα ασφαλιστικά, η ζημιά στο μπόιλερ είναι ενδεχόμενη. Κατά τη διάρκεια του χειμώνα, η χρήση καλύμματος είναι επίσης σημαντική, ειδικά σε χαμηλές θερμοκρασίες.