Η μετάβαση στο 3DS έφερε ριζικές βελτιώσεις στα γραφικά, με πιο λεπτομερή μοντέλα χαρακτήρων και ζωντανά χρώματα που αναδεικνύουν την απόκοσμη ομορφιά του τίτλου, ενώ η στερεοσκοπική τρισδιάστατη απεικόνιση προσθέτει βάθος στον κόσμο. Οι σημαντικές αλλαγές στο σύστημα διαχείρισης του χρόνου και το ανανεωμένο "Bombers' Notebook" κάνουν την παρακολούθηση των πολυάριθμων side quests πολύ πιο εύκολη, επιτρέποντας στους παίκτες να βυθιστούν στις προσωπικές ιστορίες των κατοίκων της Clock Town χωρίς περιττό άγχος. Με την προσθήκη του ελέγχου κάμερας μέσω του C-Stick και τη χρήση της οθόνης αφής για γρήγορη πρόσβαση στα αντικείμενα, αυτή η έκδοση θεωρείται ο ιδανικός τρόπος για να ζήσει κανείς την πιο συναισθηματική και σουρεαλιστική περιπέτεια της σειράς Zelda.