Der Wechsel zum 3DS brachte grundlegende Verbesserungen bei der Grafik, mit detaillierteren Charaktermodellen und lebendigen Farben, die die überirdische Schönheit des Titels hervorheben, während die stereoskopische 3D-Darstellung Tiefe in die Welt bringt. Die bedeutenden Änderungen im Zeitsystem und das überarbeitete "Bombers' Notebook" machen die Verfolgung der zahlreichen Nebenquests viel einfacher, sodass die Spieler in die persönlichen Geschichten der Bewohner von Clock Town eintauchen können, ohne unnötigen Stress. Mit der Einführung der Kamerasteuerung über den C-Stick und der Nutzung des Touchscreens für schnellen Zugriff auf Gegenstände gilt diese Version als der perfekte Weg, um das emotionalste und surrealistischste Abenteuer der Zelda-Reihe zu erleben.