Der Spieler zieht nach Alola und beginnt sein Abenteuer mit einem der Anfangs-Pokémon (Rowlet, Litten oder Popplio), begleitet von Professor Kukui und seinem Freund Hau. Anstelle von Arenaleitern nimmt er an Trials und Grand Trials auf vier Inseln teil, mit Totem-Pokémon als Bosse. Das Team Skull sorgt für Chaos, während die Aether Foundation behauptet, Pokémon zu schützen, aber dunkle Absichten verbirgt. Der Spieler trifft auf Lillie und das mysteriöse Pokémon Cosmog, das mit den legendären Lunala (Mond) und Solgaleo (Sonne) verbunden ist.

Das Spiel führt Z-Moves, regionale Formen (Alola-Varianten) und Ultra Beasts ein, während es HMs abschafft und Ride Pokémon hinzufügt. Pokémon Mond spielt 12 Stunden hinter Pokémon Sonne, was die Spielwelt beeinflusst. Es zeichnet sich durch die erzählerische Fokussierung, kulturelle Vielfalt und Innovation in der Struktur der Reise aus.