Das Denken des Herakleitos erscheint in der Geschichte des griechischen Denkens als ein paradoxes Phänomen, weil seine Struktur äußerst eigenartig ist. Es handelt sich um eine vielschichtige innere Schrift, die sich nicht eindimensional in geraden Linien bewegt, sondern in schrägen, die sich miteinander verweben und Büschel bilden.

Platon stellt das Denken des Philosophen als einen Regen von Pfeilen dar, die wie aus einem Köcher geschossen werden. Herakleitos strebt danach, die verborgene Tiefe der Dinge zu erkunden und uns in die Wahrheit einzuweihen. Seine Beziehung zur Wahrheit hat eine besondere Bedeutung: Die Wahrheit wohnt nicht an hellen Orten, sondern wird nur im Dunkeln gefunden; um sie zu entdecken, muss man das Licht seines wachen Bewusstseins angezündet haben.

Die Fragmente des Herakleitos sind dichte und dunkle Äußerungen, die uns nicht zur Ruhe kommen lassen, sondern unseren Geist ständig anregen. Das herakliteische Wort offenbart nichts und verbirgt auch nichts - es deutet nur an, wie der Gott des Orakels von Delphi, der "nicht sagt und nicht verbirgt, sondern bedeutet".