Историята започва с преместването на играча в Алола и започването на пътуването му като треньор на Pokémon, участвайки в Island Challenge вместо традиционните спортни зали. Докато изследва четирите острова, той се изправя срещу Totem Pokémon, капитани и Кахуни, като същевременно среща нови герои като екипа Ultra Recon Squad, който идва от друг свят. Сюжетът се фокусира върху Necrozma, мистериозен Pokémon, който заплашва да унищожи баланса на светлината в света, и играчът трябва да го спре чрез пътувания през Ultra Wormholes и алтернативни измерения.