«Πόλεμος πάντων μὲν πατήρ ἐστι, πάντων δὲ βασιλεύς, καὶ τοὺς μὲν θεοὺς ἔδειξε τοὺς δὲ ἀνθρώπους, τοὺς μὲν δούλους ἐποίησε τοὺς δὲ ἐλευθέρους». («Ο πόλεμος είναι πατέρα όλων και βασιλιάς όλων· και άλλους τους αναδεικνύει θεούς, άλλους ανθρώπους, άλλους τους κάνει δούλους, άλλους ελεύθερους»).

Το παραπάνω απόσπασμα, ενδεχομένως να είναι από τα πιο γνωστά του Ηρακλείτου και πολλές φορές ερμηνεύεται ωσάν ο ίδιος να ήταν κάποιο φιλοπόλεμο «σκυλί του πολέμου». Παρότι εύκολα απομνημονεύσιμος, λόγω της ποιητικότητας της γραφής του, ο Ηρακλείτος θεωρείται από πολλούς αφοριστικός και δυσνόητος, πράγμα που από την αρχαιότητα του προσέδωσε τη φήμη του «σκοτεινού» και συνείσφερε στη γοητεία του. Ωστόσο η αλήθεια είναι πιο απλή και ενδεχομένως ακόμα πιο γοητευτική.
Ο Ηράκλειτος έγραφε διττά και αυτό το έκανε συνειδητά φορτίζοντας της λέξεις του με διαφορετικά στρώματα νοήματος, τα οποία έπρεπε (και πρέπει) να προσεγγίζονται σαν γρίφοι που επιλύονται κυρίως βιωματικά και εμπειρικά. Με άλλα λόγια, η αλήθεια (του) κρύβεται κάτω από την επιφάνεια των λέξεων που χρησιμοποιεί.
Οι βασικοί πυλώνες της σκέψης του ήταν ότι α) οι άνθρωποι πρέπει να γνωρίζουν το Λόγο (μια ενοποιητική, αντικειμενική, αρχή), β) ο κόσμος μεταβάλλεται συνέχεια, γ) η ουσία του κόσμου είναι άεναο πυρ (η φωτιά συμβολίζει τη συνεχή μεταβολή), και τέλος δ) η ισορροπία, η στιβαρότητα και η αρμονία του κόσμου διατηρείται με τη συνεχή κίνηση, τον ανταγωνισμό και τη συναρμογή των αντιθέτων.

Δεδομένου ότι το έργο του διασώζεται αποσπασματικά, μια πρώτη καινοτομία του φαίνεται να ήταν η εισαγωγή του ανθρώπινου στοιχείου στην κοσμολογία, εγκαινιάζοντας στην κοσμογονική προσωκρατική φιλοσοφία, τον ανθρωποκεντρισμό που έμελλε να μονοπωλήσει τη κλασική σκέψη. Παρότι, λοιπόν, παρουσιάζεται από τις πηγές ως αντικοινωνικός χαρακτήρας - και για κάποιους μισάνθρωπος, ο Ηράκλειτος ενδεχομένως να ήταν ο πρώτος ανθρωπιστής φιλόσοφος.
Μια δεύτερη καινοτομία του ήταν ότι, καίτοι εκ πρώτης ανάγνωσης παρουσιάζεται ως μονιστής (όλα προέρχονται από ένα στοιχείο και αποτελούνται από παραλλαγές αυτού, που στη περίπτωση του είναι το πυρ), ο Ηράκλειτος μεταβάλλει ριζοσπαστικά το γενεσιουργό του στοιχείο: «πυρός τροπαί πρώτον θάλασσα, θαλάσσης δε το μεν ήμισυ γη, το δε ήμισυ πρηστήρ», δηλαδή οι μεταβολές της φωτιά είναι αρχικά σε θάλασσα (όχι γενικώς νερό), και από θάλασσα το μισό γη, το άλλο μισό πύρινο ρεύμα (τυφώνας, ανεμοστρόβιλος). Το πυρ του Ηρακλείτου, λοιπόν, μπορεί να μετασχηματιστεί ποιοτικά σε οτιδήποτε και το καθετί μπορεί να μετατραπεί σε φωτιά («πυρός τε ἀνταμοιβὴ τὰ πάντα καὶ πῦρ ἁπάντων»).

Επιστρέφοντας στο απόσπασμα περί πολέμου, λοιπόν, ο Ηράκλειτος προφανώς δεν εννοεί την ένοπλη σύγκρουση, αλλά τη παλίντονο ή παλίντροπο αρμονία (θέση-αντίθεση-σύνθεση), δηλαδή τις ανταγωνιστικές, αντίρροπες δυνάμεις, που ασκούνται ταυτόχρονα για να παραχθεί έργο ισορροπημένο και αρμονικό, όπως γίνεται επάνω στη παλλόμενη χορδή κάποιου μουσικού οργάνου, για να παραχθεί ήχος.

Σε μια εποχή που που η αποδεικτική συλλογιστική βρισκόταν ακόμα στα σπάργανα, ο Ηράκλειτος χρησιμοποιεί κοινώς αποδεκτά εμπειρικά παραδείγματα. Και η επίδραση του εκτείνεται από τους σύγχρονους του έως τις ημέρες μας· ειδικά στις ημέρες μας.

Εν κατακλείδι, ο Ηράκλειτος δεν διαβάζεται, δεν μελετάται, δεν φιλοσοφείται· επί-βιώνεται.