Ο Link πρέπει να νικήσει το κακό σε κάθε του βήμα στην επικίνδυνη αποστολή του για να βοηθήσει την πριγκίπισσα Zelda! Κάποτε, μάγοι προσπάθησαν να κατακτήσουν το Ιερό Βασίλειο του Hyrule. Οι Πνεύματα του Φωτός σφράγισαν τη δύναμη των μάγων μέσα στο Σκοτεινό Κρύσταλλο και τους εξόρισαν στο Σκοτεινό Βασίλειο πέρα από τον Καθρέφτη του Δειλινού. Τώρα, μια κακή απειλή προσπαθεί να βρει την Midna, Πριγκίπισσα του Σκοτεινού Βασιλείου, και τα θραύσματα του Σκοτεινού Κρυστάλλου για να αποκτήσει τη δύναμη να κυβερνήσει τόσο το Σκοτεινό Βασίλειο όσο και τον Κόσμο του Φωτός. Ο Link και η Midna κατευθύνονται προς το Όρος Θανάτου για να απομακρύνουν το σκοτάδι που βασανίζει τους Gorons και ελπίζουν να αποκτήσουν ένα ακόμη κομμάτι του Σκοτεινού Κρυστάλλου. Αν καταφέρουν να ανακτήσουν το κομμάτι, θα χρειαστούν μόνο να βρουν ένα ακόμη τμήμα του Κρυστάλλου. Αλλά το ταξίδι τους είναι μακριά από το τέλος, καθώς σκιές συγκεντρώνονται στο Κάστρο του Hyrule και υπάρχουν ακόμη πολλές σοβαρές κινδύνους και τρομεροί εχθροί να αντιμετωπίσουν!