Тъмният сектор поставя играчите в ролята на Хайдън Тено, агент изпратен на опасна мисия за убийство в Ласрия, град в Източна Европа на ръба на разрушение, който крие смъртоносна тайна от Студената война.

Той е атакуван от непознат враг и се събужда, за да открие, че част от тялото му е променено от инфекция, която му е дала нечовешки способности. Сега Хайдън трябва да научи да се развива заедно със своите сили, да оцелее и да стане герой.