Το Dark Sector ωθεί τους παίκτες στο ρόλο του Hayden Tenno, ενός πράκτορα που στέλνεται σε μια επικίνδυνη αποστολή δολοφονίας στη Lasria, μια πόλη της Ανατολικής Ευρώπης στο χείλος της καταστροφής που κρύβει ένα θανατηφόρο μυστικό του Ψυχρού Πολέμου.

Δέχεται επίθεση από έναν άγνωστο εχθρό, ξυπνά για να βρει μέρος του σώματός του αλλοιωμένο από μια μόλυνση που του έχει δώσει απάνθρωπες ικανότητες. Τώρα, ο Hayden πρέπει να μάθει να εξελίσσεται μαζί με τις δυνάμεις του, να επιβιώνει και να γίνεται ήρωας.