Die Geschichte beginnt direkt nach dem ersten Mortal Kombat-Turnier, bei dem Liu Kang Shang Tsung besiegt. Doch der Sieg bringt keinen Frieden, denn die Helden werden von Soldaten aus Outworld angegriffen. Raiden schickt Liu Kang und Kung Lao auf eine Mission, um Shao Kahn aufzuhalten, und führt sie durch Gebiete wie den Living Forest, das Soul Tomb und die Wastelands. Dabei begegnen sie ikonischen Charakteren wie Scorpion, Sub-Zero, Reptile und Baraka, während sich herausstellt, dass Shang Tsung plant, seine Macht durch Seelen wiederzuerlangen.