Die Geschichte beginnt, als das Team S.T.A.R.S. Alpha in die Arklay Mountains geschickt wird, um das Verschwinden des Bravo-Teams zu untersuchen. Nach einem Angriff durch mutierte Kreaturen suchen Chris Redfield, Jill Valentine, Barry Burton und Albert Wesker Zuflucht in einer abgelegenen Villa. Dort entdecken sie, dass die Villa voller Zombies, Fallen und biologischer Waffen ist, die Ergebnis von Experimenten der Umbrella Corporation sind. Während die Spieler das Anwesen erkunden, lösen sie Rätsel, sammeln Gegenstände und decken Weskers Verrat sowie die Existenz des Tyrants auf, einer mächtigen biologischen Waffe.
Das Gameplay bleibt dem Remake für den GameCube treu, mit festen Kameraeinstellungen, Tank-Steuerung und Fokus auf Ressourcenmanagement. Die Version für Wii fügt die Steuerung mit der Wii Remote und dem Nunchuk hinzu, was eine alternative Ziel- und Interaktionsmöglichkeit bietet. Das Spiel beinhaltet außerdem Crimson Head Zombies, Verteidigungswaffen und alternative Szenarien, abhängig von den Entscheidungen des Spielers.
