Die Geschichte folgt Chris Redfield und Jill Valentine, Mitgliedern des Alpha-Teams, während sie das Spencer-Anwesen nach dem Verschwinden des Bravo-Teams erreichen. Dort entdecken sie, dass das Anwesen voller Zombies, mutierter Kreaturen und Fallen ist, die Ergebnis von Experimenten der Firma Umbrella mit dem T-Virus sind. Während sie das Gebäude erkunden, enthüllen sie die Wahrheit hinter Umbrella und versuchen zu überleben und zu entkommen.

Die Version für DS umfasst zwei Modi: den Classic Mode, der dem Originalspiel treu bleibt, und den Rebirth Mode, mit neuen Rätseln, die den Touchscreen und das Mikrofon des DS nutzen. Es wurden auch Mehrspieler-Modi für bis zu 4 Spieler über das lokale Netzwerk hinzugefügt. Deadly Silence bewahrt die Atmosphäre von Angst und Überleben des Originals, bietet aber gleichzeitig neue Erlebnisse, die auf die Möglichkeiten der tragbaren Konsole zugeschnitten sind.