Историята започва след събитията от Армагедон, когато Рейдън, малко преди да умре, изпраща съобщение на себе си в миналото: „Той трябва да победи“. Това води до алтернативно преразказване на събитията от първите три игри Mortal Kombat, като Рейдън се опитва да промени бъдещето и да предотврати господството на Шао Кан. Разказът се развива чрез кинематографични cutscenes и битки, с редуване на герои и обрати.