Η ιστορία ξεκινά μετά τα γεγονότα του Armageddon, όταν ο Raiden, λίγο πριν πεθάνει, στέλνει ένα μήνυμα στον εαυτό του στο παρελθόν: “He must win”. Αυτό οδηγεί σε μια εναλλακτική επανεξιστόρηση των γεγονότων των πρώτων τριών παιχνιδιών Mortal Kombat, με τον Raiden να προσπαθεί να αλλάξει το μέλλον και να αποτρέψει την κυριαρχία του Shao Kahn. Η αφήγηση εξελίσσεται μέσα από κινηματογραφικά cutscenes και μάχες, με εναλλαγή χαρακτήρων και ανατροπές.