Der Transfer aus der erfolgreichen Serie versetzt die Spieler in die Rolle des dynamischen Agenten der Organisation The Company, Tom Paxton, und sie sind aufgerufen, das Geheimnis des Protagonisten der TV-Serie Michael Scofield zu lüften, eines Mannes ohne kriminelle Vergangenheit, der sich plötzlich schuldig befindet, eine Bank ausgeraubt zu haben.

Durch ein Szenario, das den Ereignissen der ersten Staffel von Prison Break folgt, werden die Spieler in das Fox River State Penitentiary eindringen, wo sie einer Reihe von Feinden und Hindernissen gegenüberstehen, um die Hinweise zu sammeln, die sie zur Lösung des Rätsels führen werden.