Ein verfluchter Teenager rettet die Menschheit eine Seele nach der anderen.

In einer fiktiven England des 19. Jahrhunderts spielt D.Gray-man die Geschichte von Allen Walker, einem 15-jährigen Jungen, der die Erde auf der Suche nach Unschuld durchstreift. Nach der großen Flut in unbekannte Teile der Welt gespült, ist Unschuld die mysteriöse Substanz, die verwendet wird, um Waffen zu erschaffen, die Dämonen namens Akuma vernichten.

Allen ist schon lange Gastgeber für Nea, eine gefährliche Entität, die auch als der Vierzehnte bekannt ist. Nea war inaktiv, aber er ist seitdem erwacht und nun dominant. Johnny, Allens treuester Verbündeter, versucht, Allen wieder ins Bewusstsein zu bringen, aber schafft er es rechtzeitig?