Τίποτα δεν προοιωνιζόταν ότι ο Κόκκαλης θα γινόταν μια μέρα αγωνιστής της Αντίστασης και υπουργός Υγείας και Πρόνοιας, προσωρινά και της Παιδείας, στην κυβέρνηση του βουνού της ΠΕΕΑ και ότι μετά την Απελευθέρωση θα αναγκαζόταν να καταφύγει στους αντάρτες και να ξαναγίνει πάλι Υπουργός Υγείας, Πρόνοιας και Παιδείας στην Προσωρινή Δημοκρατική Κυβέρνηση που συγκρότησε το ΚΚΕ.

Αλλά η επιστήμη είναι μέρος της κοινωνίας. Είναι ένα ξεχωριστό παράγωγό της και ένας άνθρωπος της επιστήμης που είναι επιπλέον και Έλληνας δεν μπορεί (δεν πρέπει) να αρνηθεί να κάνει την επιλογή του. Ο Κόκκαλης είχε πραγματοποιήσει πολυάριθμες πρωτοποριακές επεμβάσεις στον τομέα της χειρουργικής του θώρακα, της νευροχειρουργικής και της χειρουργικής της καρδιάς και η μεγάλη συμμετοχή του στη συγγραφή του δίτομου έργου "Χειρουργική" ήταν για τους νέους χειρουργούς μια εξαιρετική αναφορά.

Το 1942 ο Πέτρος Κόκκαλης είχε ακολουθήσει τη συνείδησή του επιλέγοντας την αντίσταση. Επέλεξε να ανακουφίσει τον πόνο και να χρησιμοποιήσει το οργανωτικό του ταλέντο για να στήσει αυτοσχέδια νοσοκομεία που μπορούσαν να περιθάλψουν πάνω από 1000 τραυματίες και ασθενείς. Και γι` αυτήν την επιλογή του απαλλάχθηκε απ` τα καθήκοντά του και κυνηγήθηκε.

Μετά το τέλος του εμφυλίου αποφάσισε να πάει στην Ανατολική Γερμανία, όπου μπόρεσε να συνεχίσει το έργο του μέχρι τον θάνατό του.

Ο καθηγητής Πέτρος Κόκκαλης έζησε μια δύσκολη περίοδο και είναι απ` τους λίγους που ακόμα και σήμερα τιμούν την Ελλάδα, αν και η πατρίδα του δεν τον τίμησε. Ήταν ένας απ` τους καλύτερους χειρουργούς του κόσμου της εποχής εκείνης και ακόμα ένας αληθινός πατριώτης Έλληνας, που φρόντιζε πολύ όλα τα Ελληνόπουλα που βρεθήκαμε στις Ανατολικές Χώρες λόγω του Εμφυλίου πολέμου.