Нищо не предвещаваше, че Кокалис един ден ще стане борец за съпротива и министър на здравеопазването и социалните грижи, временно и на образованието, в планинското правителство на ПЕЕА и че след Освобождението ще бъде принуден да се укрие при партизаните и отново да стане министър на здравеопазването, социалните грижи и образованието в Временната демократична правителство, съставено от ККЕ.

Но науката е част от обществото. Това е отделен продукт на обществото и един човек на науката, който е и грък, не може (не трябва) да откаже да направи своя избор. Кокалис е извършил многобройни иновационни интервенции в областта на гръдната хирургия, неврохирургията и сърдечната хирургия, а голямото му участие в написването на двутомното произведение "Хирургия" беше за младите хирурзи изключителна отправна точка.

През 1942 г. Петрос Кокалис следва съвестта си, избирайки съпротивата. Той избра да облекчи болката и да използва организационния си талант, за да установи импровизирани болници, които можеха да лекуват над 1000 ранени и болни. И за този свой избор беше освободен от задълженията си и преследван.

След края на гражданската война решава да отиде в Източна Германия, където може да продължи работата си до смъртта си.

Професор Петрос Кокалис премина през труден период и е сред малцината, които дори и днес почитат Гърция, въпреки че родината му не го е почитала. Той беше един от най-добрите хирурзи на света от онова време и все още един истински патриот грък, който се грижеше много за всички гръцки деца, попаднали в Източните страни заради гражданската война.