Nichts deutete darauf hin, dass Kokkalis eines Tages Kämpfer des Widerstands und Minister für Gesundheit und Soziale Wohlfahrt, vorübergehend auch für Bildung, in der Bergregierung der PEEA werden würde und dass er nach der Befreiung gezwungen sein würde, zu den Partisanen zu fliehen und erneut Minister für Gesundheit, Soziale Wohlfahrt und Bildung in der Provisorischen Demokratischen Regierung zu werden, die von der KKE gebildet wurde.

Aber Wissenschaft ist Teil der Gesellschaft. Sie ist ein eigenständiges Produkt davon, und ein Wissenschaftler, der zudem Grieche ist, kann (darf) nicht ablehnen, seine Wahl zu treffen. Kokkalis hatte zahlreiche bahnbrechende Eingriffe im Bereich der Thoraxchirurgie, Neurochirurgie und Herzchirurgie durchgeführt, und seine große Beteiligung an der Verfassung des zweibändigen Werks "Chirurgie" war für die jungen Chirurgen eine außergewöhnliche Referenz.

Im Jahr 1942 hatte Peter Kokkalis seinem Gewissen gefolgt und sich für den Widerstand entschieden. Er beschloss, den Schmerz zu lindern und sein organisatorisches Talent zu nutzen, um provisorische Krankenhäuser einzurichten, die mehr als 1000 Verletzte und Kranke versorgen konnten. Und für diese Wahl wurde er von seinen Pflichten entbunden und verfolgt.

Nach dem Ende des Bürgerkriegs beschloss er, in die DDR zu gehen, wo er seine Arbeit bis zu seinem Tod fortsetzen konnte.

Professor Peter Kokkalis erlebte eine schwierige Zeit und zählt zu den wenigen, die auch heute noch Griechenland ehren, obwohl seine Heimat ihn nicht geehrt hat. Er war einer der besten Chirurgen der damaligen Zeit und zudem ein wahrer patriotischer Grieche, der sich sehr um alle griechischen Kinder kümmerte, die wir aufgrund des Bürgerkriegs in den östlichen Ländern waren.