Ο Μποντλέρ γράφει για τη Μαντάμ Μποβαρί: «αυτό το έργο, μυστικός θάλαμος της σκέψης του, παραμένει φυσικά το πιο ενδιαφέρον για τους ποιητές και τους φιλοσόφους...» Ο Μαρσέλ Προυστ πίστευε ότι ο Φλομπέρ στη Μαντάμ Μποβαρί βρίσκει τη μορφή η οποία είναι ίσως η πιο καινούργια που γνώρισε ποτέ η γαλλική λογοτεχνία. Και ο Μπόρχες, πως «κανένα πλάσμα του Φλομπέρ δεν είναι τόσο πραγματικό όσο ο ίδιος ο Φλομπέρ». Είναι αρκετοί εκείνοι που υποστηρίζουν πως το βασικό έργο του είναι η Αλληλογραφία του, γιατί εκεί μέσα αποτυπώνεται θαυμάσια ο άνθρωπος, ο συγγραφέας, το απόσταγμα του έργου του, το ίδιο το πρόσωπο της μοίρας του.

Η Μαντάμ Μποβαρί αποτελεί το οριακό σημείο στην εξελικτική πορεία από την αυτοβιογραφία στο μυθιστόρημα. Είναι πολύ γνωστή η φράση του Φλομπέρ: «Η κυρία Μποβαρί είμαι εγώ!» Ήδη το 1837 είχε γράψει μια σύντομη αιχμηρή ιστορία με τίτλο Πάθος και αρετή, η ηρωίδα της οποίας, η Ματζά, που δηλητηριάζει το σύζυγο και τα παιδιά της για χάρη ενός εραστή ο οποίος τη διώχνει και την εξωθεί στην αυτοκτονία, έμοιαζε με την Έμα Μποβαρί. Ο Ευγένιος Ντελαμάρ, ένας γιατρός στη Νορμανδία, είχε πεθάνει από τη λύπη του, διότι τον είχε απατήσει και καταστρέψει η σύζυγός του Ντελφίν.

Η αληθινή αυτή ιστορία δεν ήταν η μοναδική πηγή έμπνευσης για τη συγγραφή της Μαντάμ Μποβαρί. Ο Φλομπέρ είχε υπόψη του ένα χειρόγραφο, γνωστό με τον τίτλο Αναμνήσεις της κυρίας Λουδοβίκα, το οποίο ανακαλύφθηκε αργότερα, το 1946, στη βιβλιοθήκη της Ρουέν.