Η Cross Academy φιλοξενεί δύο ομάδες μαθητών: την Ημερήσια Τάξη και την Νυχτερινή Τάξη. Στην δυση, όταν οι μαθητές της Ημερήσιας Τάξης επιστρέφουν στα κοιτώριά τους, διασταυρώνονται με την Νυχτερινή Τάξη στον δρόμο προς το σχολείο. Η Yuki Cross και ο Zero Kiryu είναι οι Φύλακες του σχολείου, προστατεύοντας την Ημερήσια Τάξη από το σκοτεινό μυστικό της Ακαδημίας: η Νυχτερινή Τάξη είναι γεμάτη β vampires! Ένας πόλεμος μεταξύ β vampires έχει αρχίσει στην Cross Academy, και ακόμη και οι μαθητές της Ημερήσιας Τάξης δέχονται επιθέσεις. Ο Kaname αποκαλύπτει τελικά το κρυφό του σχέδιο στον Zero, και ο Zero πρέπει να διαλέξει πλευρά στον πόλεμο. Αλλά για να νικήσει τον εχθρό, ο Zero θα πρέπει να συμμετάσχει σε μια απεχθή πράξη...