Povestea începe la Balamb Garden, o academie care antrenează mercenari cunoscuți sub numele de SeeD. Squall, împreună cu Zell, Selphie, Quistis și mai târziu Irvine, primește misiuni pentru a înfrunta amenințarea vrăjitoarei Edea, care controlează imperiul Galbadia. Pe măsură ce povestea evoluează, se dezvăluie că Edea este doar o piesă a lui Ultimecia, o vrăjitoare din viitor care încearcă să comprime timpul și să domine trecutul.

Squall dezvoltă o relație profundă cu Rinoa Heartilly, o revoluționară care devine personaj central în poveste, pe măsură ce dobândește puteri magice și se leagă de Ultimecia. Jocul explorează teme precum singurătatea, destinul, identitatea și maturizarea emoțională, cu o narațiune cinematografică și scene impresionante.