Das Stand Alone Complex spielt im Jahr 2030 in der fiktiven japanischen Stadt New Port. Die Geschichte folgt den Mitgliedern der Öffentlichen Sicherheit, Abteilung 9, einem speziellen Einsatzteam, das aus ehemaligen Militäroffizieren und Polizeidetektiven besteht. Der Manga präsentiert einzelne Fälle, die von Abteilung 9 bearbeitet werden, zusammen mit einer fortlaufenden, ernsthafteren Untersuchung des Serienmörders und Hackers, der nur als The Laughing Man bekannt ist.