Το Stand Alone Complex διαδραματίζεται το 2030, στην φανταστική ιαπωνική πόλη New Port. Η ιστορία ακολουθεί τα μέλη της Δημόσιας Ασφάλειας, Τμήμα 9, μιας ειδικής ομάδας επιχειρήσεων αποτελούμενης από πρώην στρατιωτικούς αξιωματικούς και αστυνομικούς ντεντέκτιβ. Το manga παρουσιάζει μεμονωμένες υποθέσεις που χειρίζεται το Τμήμα 9, μαζί με μια συνεχιζόμενη, πιο σοβαρή έρευνα για τον κατά συρροήν δολοφόνο και χάκερ που είναι γνωστός μόνο ως The Laughing Man.