Ein verfluchter Teenager rettet die Menschheit eine Seele nach der anderen. D.Gray-man spielt im fantastischen 19. Jahrhundert in England und erzählt die Geschichte von Allen Walker, einem 15-jährigen Jungen, der umherzieht und nach der Innocence sucht. Nach der Großen Flut wurde die Innocence an unbekannte Orte der Welt gebracht und ist die geheimnisvolle Substanz, die zur Schaffung von Waffen verwendet wird, die Dämonen, bekannt als Akuma, auslöschen. Als erblich bedingter Exorzist ist Walkers Hauptwaffe gegen die Akuma das Kreuz, das in sein rotes, deformiertes linkes Handgelenk eingraviert ist und Innocence enthält. Es zerstört nicht nur die Akuma, sondern sieht auch die Akuma, die in der Seele eines Menschen verborgen sind! Zusammen mit seinen Verbündeten, den Exorzisten, die unter dem Befehl des Schwarzen Ordens kämpfen, führt Walker den Kampf gegen den Millennium Earl, das böse Wesen, das die Zerstörung der Menschheit anstrebt.